Figlio di Vittore e probabilmente minore del fratello Pietro, pure dedicatosi alla pittura.
Si suppone che sia nato a Venezia, dato che il padre vi abitava agli inizi del secolo. Le prime notizie a riguardo risalgono al 1530, quando in Venezia, il 10 e il 23 settembre sottoscrive due redazioni di un testamento. L'8 luglio 1533 appare in un atto come sostituto del padre ormai morto. Nel 1540 risulta attivo a Capodistria, probabilmente a quella data aveva lì la sua abitazione e bottega. Probabilmente dal 1537 al 1560 Carpaccio ebbe dimora stabile a Capodistria. La sua vicenda artistica sembrerebbe quella di chi, una volta appreso un mestiere, cerca di esercitarlo in una zona senza troppi concorrenti. Questa tesi sarebbe avvalorata dal fatto che lui non cercò mai di rinnovare gli stilemi artistici, attenendosi per tutta la vita a mantenere la traccia paterna.