Nato a Trieste il 1° settembre 1845, dopo aver frequentato precocissimo la scuola locale di disegno diretta dall'intagliatore Giovanni Moscotto, dal 1863 al 1868 seguì i corsi all'Accademia di Belle Arti a Venezia, vincendo svariati premi. Nel 1869 fece il suo esordio alle esposizioni veneziane e non mancò da subito anche il successo nella sua città dovuto all'appoggio di Giuseppe Caprin, per il quale fornirà negli anni ottanta e novanta del secolo alcuni disegni per i suoi libri (I nostri nonni, 1888, Marine Istriane, 1889, Lagune di Grado, 1890). Arrivarono quindi commissioni pubbliche e la prestigiosa vetrina dell'Esposizione Universale di Vienna del 1873 dove Scomparini presentò un Otello. Tuttavia, nonostante un precoce successo, egli sentì l'esigenza di proseguire un percorso di studio muovendo su Roma. Grazie ad un sussidio del Comune di Trieste egli riuscì nel 1874 ad arrivare nella città eterna dove rimase colpito, come buona parte dei pittori dell'epoca, dalla produzione di Mariano Fortuny y Madrazo. Eugenio richiese un ulteriore aiuto finanziario al Comune per rimanere a Roma che glielo concesse anche per il 1877, anno in cui l'artista espose ben sette opere all'Esposizione della Società di Belle Arti. E' ormai compiuto il bagaglio pittorico dello Scomparini, che mescola, a seconda dei soggetti e del genere, la pittura fortuniana con elementi neotiepoleschi tipici del periodo, specie nella grande decorazione, che rimase il suo cavallo di battaglia. Nel 1890 dipinse la Margherita Gauthier, l'opera di cavalletto più nota dello Scomparini, e da questo momento Scomparini divenne a Trieste il pittore per antonomasia, a cui guardarono anche i più giovani come Umberto Veruda e Gino Parin. Ottenne incarichi che lo portarono ad essere onnipresente nella vita artistica della città di San Giusto: fu infatti presidente del Circolo Artistico Triestino dal 1884 al 1895, docente di disegno figurale e pittura decorativa alla Kaiserlich Königliche Staatgewebeschule dal 1887 al 1911, dal 1906 membro del Curatorio del museo Revoltella nominato dal Consiglio comunale e dal 1905 membro della commissione edilizia. Del 1897 è la decorazione del Caffè alla Stazione mentre del 1912 il grande pannello per la sede centrale della Cassa di Risparmio di Trieste con l'Edilizia: nel primo caso Scomparini realizzò due notevoli tele raffiguranti l'Industria ed il Commercio che vedono il pittore fare ampie concessioni al modus operandi di Tiepolo. Eugenio Scomparini morì a Trieste il 17 marzo 1913.